A botanikus kert növényanyaga öt fő gyűjteményrészbe csoportosítható.

• A növényrendszertani gyűjtemény közel 100 család több ezer növényét tartalmazza. Túlnyomórészt évelő fajok, de sok az egyéves is és a kisebb cserje. A terület adta lehetőségek természetesen nem teszik lehetővé nagyobb fás növények beillesztését a bemutatóba.
  A terület déli részén kapott helyett a gyógy- és fűszernövény bemutató, mely mintegy 100 faj megismertetésére törekszik.

• Az évelő, sziklakerti és hagymás gyűjtemény 2 700 fajt, fajtát ölel fel. Különösen gazdag és változatos a kőtörőfűfélék (Saxifragaceae), varjúhájfélék (Crassulaceae), a boglárkafélék (Ranunculaceae), a keresztesvirágúak (Cruciferae), a harangvirágfélék (Campanulaceae) és a kankalinfélék (Primulaceae) családja. Igen jelentős a vadon növő, kistermetű hagymás virágok száma is. A gyűjteményrész jó néhány ritka különlegességgel is büszkélkedhet.

• Az üvegházi gyűjtemény mintegy 3 000 fajt, fajtát és változatot számlál. A növények hő-, pára- és fényigény szerint különböző házakban vannak elhelyezve. Kiemelkedően gazdag az ananászfélék (Bromeliaceae), a kontyvirágfé-lék (Araceae), a gyömbérfélék (Zingiberaceae), a begóniák (Begoniaceae) gezneriafélék (Gesneriaceae) családja a gyűjteményben, de rendkívül értékes a pozsgás és kaktuszház anyaga, valamint a vadon gyűjtött afrikai és antillai orchideák gyűjteménye is.

• A dendrológiai gyűjtemény (fák és cserjék) foglalja el a kert legnagyobb területét, közel
  3100 faj (fajta) képviselőjével. Nagy számmal képviselteti magát több lombos nemzetség, így a juhar (Acer), a nyír (Betula), a lonc (Lonicera), a borbolya (Berberis), az orgona (Syringa), a kőris (Fraxinus), stb. A rózsafélék (Rosaceae) családjából igen gazdag a gyűjtemény, de éppúgy megtaláljuk a nyitvatermőket és sok fajtájukat is. A gyűjteményrész kiemelkedő értéke a távolkeleti fák és cserjék nagy száma.

A fentebb felsoroltakon kívül a kertben található növények jelentős hányada hazánk természetes növénytakarójából kerül ki. Ezek egy része az eredeti vegetáció maradéka, más része a megváltozott környezet miatt települt be, harmadrészük tudatos betelepítés eredménye. Ez utóbbi két részre osztható:

• a kert kialakulását segítő, a kert képét élénkítő, színező, változatosabbá tevő növények, és
• Magyarország ritka, értékes és veszélyeztetett növényei.

Ezeket a veszélyeztetett növényeket itt megőrizzük, tudományosan értékeljük és elszaporítva, a lehetőségekhez mérten visszatelepítjük eredeti termőhelyükre. Természetesen csak a botanikus kerthez hasonló éghajlatú és talajú területek vad növényeit neveljük itt. A hazai flóra közel fele, mintegy 1 000 faj található meg gyűjteményünkben. A gyűjtemények fenntartását, fejlesztését, a kísérletekhez szükséges növények beszerzését az a nemzetközi csererendszer biztosítja, amelybe az általunk is minden évben kiadott Index Seminum (magkatalógus) által kapcsolódunk be. (Örömmel fogadunk magkatalógusokat magcsere céljából bárkitől.) A világ minden tájáról, mintegy 600 intézménytől érkező maganyagot saját szaporító telepünkön neveljük fel, majd a megfelelő állandó helyükre illesztjük. A látogató kerti sétája alatt aligha sejti, hogy az egyik növény Kyotóból, a másik Montreálból, a harmadik Sydneyből érkezett magból csírázott ki, és nőtt fel Vácrátóton.